COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-16 17:00:00 2.498408 2.498408 2.602003
2020-09-15 17:00:00 2.433471 2.433471 2.590519
2020-09-14 17:00:00 3.164935 2.524250 2.553880
2020-09-13 17:00:00 2.984036 2.984036 2.537831
2020-09-12 17:00:00 2.654194 2.654194 2.520870
2020-09-11 17:00:00 2.630979 2.630979 2.481267
2020-09-10 17:00:00 2.763980 2.763980 2.452142

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-16 17:00:00 1.776900 1.776900 1.472077
2020-09-15 17:00:00 2.743902 2.743902 1.439559
2020-09-14 17:00:00 1.333333 1.586433 1.416292
2020-09-13 17:00:00 2.850539 1.155624 1.452155
2020-09-12 17:00:00 1.148225 1.148225 1.437319
2020-09-11 17:00:00 3.089144 1.323919 1.480605
2020-09-10 17:00:00 1.264368 1.264368 1.533572

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-16 17:00:00 0.938086 0.938086 0.828035
2020-09-15 17:00:00 1.006036 1.006036 0.862963
2020-09-14 17:00:00 0.000000 0.000000 0.846357
2020-09-13 17:00:00 0.833333 0.833333 0.902958
2020-09-12 17:00:00 0.606796 0.606796 0.932601
2020-09-11 17:00:00 1.957586 0.978793 0.962431
2020-09-10 17:00:00 0.903614 0.903614 0.979516

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-16 17:00:00 1.138406 1.138406 0.851198
2020-09-15 17:00:00 0.337553 0.337553 0.851690
2020-09-14 17:00:00 0.445104 0.221402 0.875175
2020-09-13 17:00:00 1.064639 1.064639 0.932333
2020-09-12 17:00:00 1.176471 1.176471 0.968151
2020-09-11 17:00:00 0.509879 1.083493 0.999800
2020-09-10 17:00:00 0.573477 0.573477 1.015314

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-16 17:00:00 3.846154 3.846154 3.159698
2020-09-15 17:00:00 4.046415 4.046415 3.062780
2020-09-14 17:00:00 4.164739 4.164739 3.141641
2020-09-13 17:00:00 3.276047 3.276047 3.072789
2020-09-12 17:00:00 2.118906 2.118906 2.997970
2020-09-11 17:00:00 2.076843 2.076843 2.992175
2020-09-10 17:00:00 2.988048 2.988048 3.012899

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-16 17:00:00 2.349291 2.349291 2.811001
2020-09-15 17:00:00 3.639010 3.639010 2.771152
2020-09-14 17:00:00 4.608128 2.725614 2.749596
2020-09-13 17:00:00 3.182020 3.182020 2.719300
2020-09-12 17:00:00 2.806589 2.806589 2.691596
2020-09-11 17:00:00 3.141145 3.141145 2.649120
2020-09-10 17:00:00 2.288330 2.288330 2.586036

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-16 17:00:00 2.061123 3.094984 3.473621
2020-09-15 17:00:00 2.587322 2.587322 3.462563
2020-09-14 17:00:00 0.886918 0.886918 3.417843
2020-09-13 17:00:00 4.554656 4.554656 3.454558
2020-09-12 17:00:00 4.529617 4.529617 3.363742
2020-09-11 17:00:00 3.195489 3.195489 3.309651
2020-09-10 17:00:00 4.401806 4.401806 3.227132

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-16 17:00:00 2.479339 1.971915 1.871810
2020-09-15 17:00:00 1.815095 1.815095 1.838884
2020-09-14 17:00:00 2.328573 2.328573 1.824080
2020-09-13 17:00:00 1.728932 1.728932 1.800588
2020-09-12 17:00:00 1.755777 1.755777 1.779448
2020-09-11 17:00:00 1.473077 1.473077 1.759723
2020-09-10 17:00:00 1.873779 1.873779 1.729503

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-16 17:00:00 4.649682 4.649682 5.654198
2020-09-15 17:00:00 10.078628 5.575411 5.611676
2020-09-14 17:00:00 12.172285 4.619758 5.587565
2020-09-13 17:00:00 10.143043 5.575411 5.816102
2020-09-12 17:00:00 7.865169 7.865169 5.723920
2020-09-11 17:00:00 5.470314 5.470314 5.689769
2020-09-10 17:00:00 8.056537 8.056537 5.501884

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-16 17:00:00 1.332998 1.332998 1.954474
2020-09-15 17:00:00 1.229394 1.229394 1.981903
2020-09-14 17:00:00 2.416860 2.416860 2.055472
2020-09-13 17:00:00 3.152510 3.152510 2.094593
2020-09-12 17:00:00 2.662575 2.662575 2.075556
2020-09-11 17:00:00 2.246111 2.246111 2.083471
2020-09-10 17:00:00 2.160494 2.160494 2.099389

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-16 17:00:00 5.033113 5.033113 3.628538
2020-09-15 17:00:00 1.902174 1.902174 3.552866
2020-09-14 17:00:00 5.000000 1.447368 3.397376
2020-09-13 17:00:00 4.229935 5.098039 3.316463
2020-09-12 17:00:00 3.529412 3.529412 3.199706
2020-09-11 17:00:00 5.086849 5.086849 3.097446
2020-09-10 17:00:00 4.854369 4.854369 2.959271

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-16 17:00:00 3.125000 3.125000 1.437871
2020-09-15 17:00:00 0.429185 0.429185 1.444357
2020-09-14 17:00:00 1.777778 1.777778 1.583827
2020-09-13 17:00:00 0.903614 0.903614 1.567484
2020-09-12 17:00:00 1.282051 1.282051 1.490510
2020-09-11 17:00:00 1.041667 1.709402 1.509194
2020-09-10 17:00:00 0.655022 1.214575 1.461103

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-16 17:00:00 1.840491 1.840491 2.777289
2020-09-15 17:00:00 4.740406 4.740406 2.718191
2020-09-14 17:00:00 1.666667 1.666667 2.631278
2020-09-13 17:00:00 5.141388 1.542416 2.624966
2020-09-12 17:00:00 3.205128 3.205128 2.635913
2020-09-11 17:00:00 4.718693 4.718693 2.615630
2020-09-10 17:00:00 3.412969 3.412969 2.527037

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-16 17:00:00 3.945746 3.945746 4.030301
2020-09-15 17:00:00 5.899705 5.899705 3.905457
2020-09-14 17:00:00 8.888889 8.888889 3.944327
2020-09-13 17:00:00 1.855670 1.855670 4.023642
2020-09-12 17:00:00 3.308271 3.308271 4.297319
2020-09-11 17:00:00 4.700162 4.700162 4.381034
2020-09-10 17:00:00 12.330827 3.383459 4.385338

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-16 17:00:00 4.804928 4.804928 3.773731
2020-09-15 17:00:00 2.846715 2.846715 3.640857
2020-09-14 17:00:00 3.434685 3.434685 3.571644
2020-09-13 17:00:00 2.871148 2.871148 3.463857
2020-09-12 17:00:00 5.201342 5.201342 3.377859
2020-09-11 17:00:00 3.149171 3.149171 3.300128
2020-09-10 17:00:00 3.828246 3.828246 3.216303

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-16 17:00:00 4.529464 3.474055 2.983480
2020-09-15 17:00:00 3.095723 3.095723 2.932605
2020-09-14 17:00:00 2.732975 2.732975 2.902609
2020-09-13 17:00:00 4.852071 4.852071 2.909188
2020-09-12 17:00:00 1.952724 1.952724 2.833183
2020-09-11 17:00:00 2.942232 2.942232 2.786026
2020-09-10 17:00:00 2.973662 2.973662 2.761382

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-16 17:00:00 1.764706 1.764706 3.272542
2020-09-15 17:00:00 2.599278 2.599278 3.359144
2020-09-14 17:00:00 5.056180 5.056180 3.500632
2020-09-13 17:00:00 3.510638 3.510638 3.494347
2020-09-12 17:00:00 3.377483 3.377483 3.514278
2020-09-11 17:00:00 3.387181 3.387181 3.548709
2020-09-10 17:00:00 3.839122 3.839122 3.518565

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-16 17:00:00 2.419355 2.419355 2.940315
2020-09-15 17:00:00 2.637890 2.637890 2.933793
2020-09-14 17:00:00 4.689755 4.689755 2.966157
2020-09-13 17:00:00 2.862506 2.862506 2.941282
2020-09-12 17:00:00 1.775626 1.775626 2.961798
2020-09-11 17:00:00 4.193548 4.193548 2.977310
2020-09-10 17:00:00 3.887055 3.887055 2.954957

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-16 17:00:00 1.933820 1.933820 1.884518
2020-09-15 17:00:00 1.416235 0.880963 1.883763
2020-09-14 17:00:00 2.549697 1.264331 1.893354
2020-09-13 17:00:00 1.944860 1.944860 1.932936
2020-09-12 17:00:00 3.055802 3.055802 1.936989
2020-09-11 17:00:00 2.937063 2.937063 1.932587
2020-09-10 17:00:00 1.840736 1.840736 1.928024

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-16 17:00:00 1.806589 1.806589 2.398988
2020-09-15 17:00:00 2.226721 2.226721 2.324064
2020-09-14 17:00:00 3.821656 1.277275 2.292988
2020-09-13 17:00:00 3.256445 3.256445 2.326351
2020-09-12 17:00:00 3.303303 3.303303 2.305519
2020-09-11 17:00:00 2.579666 2.579666 2.364269
2020-09-10 17:00:00 2.287893 2.287893 2.326102

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-16 17:00:00 1.351351 1.351351 2.647326
2020-09-15 17:00:00 3.092784 3.092784 2.861416
2020-09-14 17:00:00 14.285714 14.285714 2.647861
2020-09-13 17:00:00 1.739130 1.739130 2.501373
2020-09-12 17:00:00 1.785714 1.785714 2.351946
2020-09-11 17:00:00 8.333333 8.333333 2.326532
2020-09-10 17:00:00 0.000000 0.000000 2.385431

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-16 17:00:00 2.669577 2.669577 3.080685
2020-09-15 17:00:00 3.418549 3.418549 3.036614
2020-09-14 17:00:00 2.763819 2.763819 3.037087
2020-09-13 17:00:00 3.977591 3.977591 3.121595
2020-09-12 17:00:00 3.024326 3.024326 3.155777
2020-09-11 17:00:00 3.191293 3.191293 3.069823
2020-09-10 17:00:00 3.366926 3.366926 3.025928

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 1.776900 1.776900 1.472077
Basilicata 0.938086 0.938086 0.828035
Calabria 1.138406 1.138406 0.851198
Campania 3.846154 3.846154 3.159698
Emilia-Romagna 2.349291 2.349291 2.811001
Friuli Venezia Giulia 2.061123 3.094984 3.473621
Lazio 2.479339 1.971915 1.871810
Liguria 4.649682 4.649682 5.654198
Lombardia 1.332998 1.332998 1.954474
Marche 5.033113 5.033113 3.628538
Molise 3.125000 3.125000 1.437871
P.A. Bolzano 1.840491 1.840491 2.777289
P.A. Trento 3.945746 3.945746 4.030301
Piemonte 4.804928 4.804928 3.773731
Puglia 4.529464 3.474055 2.983480
Sardegna 1.764706 1.764706 3.272542
Sicilia 2.419355 2.419355 2.940315
Toscana 1.933820 1.933820 1.884518
Umbria 1.806589 1.806589 2.398988
Valle d'Aosta 1.351351 1.351351 2.647326
Veneto 2.669577 2.669577 3.080685
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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